小儿水样大便的治疗方法如下：
1、单纯的消化不良，一般治疗主要是控制饮食、少量多餐、选择清淡、好消化的饮食；
2、可以适当调理胃肠功能，应用益生菌等；
3、如果腹泻较严重，可以加服保护胃肠黏膜、收涩的药，比如蒙脱石散，减轻腹泻；
4、如果属于肠炎、痢疾，或者本身有肺炎、呼吸道症状，还要配合病因治疗，如消炎、治疗肺炎等。炎症消除后，腹泻也会逐渐减轻，但腹泻严重时建议去医院，特别是小宝宝要注意有脱水的表现，千万不能大意。
水样大便肯定是消化不良表现，但消化不良又分很多种，如水样大便属于 腹泻范围。腹泻有很多因素，如有的因肠炎等炎症引起；有的不是肠炎，如呼吸道疾病、肺炎，也可引起消化道的不良表现，如腹泻。有的还会伴呕吐、腹疼，这都跟消化有关。所以首先要鉴别是什么引起的腹泻。