股骨头囊肿很多情况下并非单纯囊肿，有时继发于骨软骨损伤或病理性改变，故股骨头囊肿需具体问题具体分析。
若臼侧软骨发生改变，此种囊肿即使去除走路也会疼，可能需后期换关节。若局限性骨囊肿同时伴有骨软骨损伤，可通过修复手术进行骨软骨移植。若软骨下骨囊肿伴有髋臼发育异常，如先天性髋关节发育不良，不宜单纯切除囊肿或局限性治疗，切除囊肿的根本目的是缓解疼痛，此种情况疼痛无法缓解，所以需进行系统评估，明确囊肿成因和性质，进行针对性治疗。
股骨头大部分由软骨覆盖，切除囊肿，要经软骨面，在软骨下骨相对较厚的范围内，可不手术，当有塌陷或软骨损伤迹象时再进行手术治疗。