抗凝治疗是肺栓塞的基本治疗方式之一，而患者抗凝时间长短因人而异。若患者肺栓塞是由于口服雌激素、妊娠或短期内制动所致，此类危险因素可以较快去除，通常抗凝时间为3个月左右。但如果患者栓子来源不明或来自下肢深静脉的血栓，通常抗凝时间为6个月。另外，如果患者肺栓塞属于高危栓塞且引起肺栓塞诱因无法在短时间内去除，如先天性凝血因子障碍或恶性肿瘤引起肺栓塞，此时建议患者进行终生抗凝治疗。
目前临床上常用抗凝药物是华法林，通过抑制维生素K活化，导致维生素K所依赖的Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ因子活动度下降，从而产生抗凝 功效。患者服用华法林期间应密切监测国际标准化比值，也称INR数值，通常希望患者在口服华法林后将INR值控制在2-3。若INR值过短通常提示华法林不足，患者有血栓增加风险，若INR值过长则提示华法林过量，可能增加出血风险。