一般认为水蛭素的副作用较少，临床使用中少见毒副作用，只有在给药剂量过大的情况下，才有可能会出现引起出血的副作用。建议在医生的指导下合理用药，确保自身安全。
水蛭素是从水蛭体内提取出的有效物质，水蛭性平，味苦、咸，具有破血逐瘀的功效，可用于跌打损伤、瘀血等疾病的治疗。而水蛭素作为提取物，具有较强的抗凝血作用，多用于急性心肌梗死、深静脉血栓、弥漫性血管内凝血等疾病的治疗，可以预防血管再度狭窄。
研究表明，使用水蛭素通常不会影响肝肾功能，也不会导致白细胞、红细胞系统受到影响，副作用较少。但如果给药剂量过大，则可能会有出血等副作用。对于网上流传的水蛭素可致皮肤瘙痒、恶心呕吐、腹痛腹泻等说法，并无权威资料证实，一般不会引起上述不良反应，患者不必过于担心。
如果存在水蛭素的用药指征，通常可到医院中医科、内科等相关科室就诊，遵医嘱皮下注射或静脉注射水蛭素，可起到上述功效和作用。正常剂量给药的情况下，不会导致局部出血。治疗期间患者应注意生活和饮食，规律作息，避免摄入辛辣刺激性食物，以免影响药效。