氯己定漱口水在临床上称为复方氯己定含漱液，该药并没有特定的三大副作用，常见的主要有口腔着色、味觉异常以及过敏等。复方氯己定含漱液对革兰阳性和阴性菌都有较强的抗菌作用，而且还可以抑制牙菌斑的形成，规范使用一般也不会出现副作用，日常无需过度担心。
1、口腔着色：如果患者进行超声波牙齿洁治或者进行牙齿的喷砂抛光处理之后使用复方氯己定含漱液进行含漱，该药中的主要成分葡萄糖酸氯己定很容易附着在牙齿表面形成色斑。如果患者长期使用复方氯己定含漱液进行含漱，不仅牙齿本身会着色，牙床、舌背等部位也会着色，会明显降低患者口腔的美观性。
2、味觉异常：复方氯己定含漱液中含有少量的甲硝唑成分，同时药液味道较刺激，如果患者长期用其进行含漱，容易导致味觉迟钝，也有的患者甚至会自觉口腔内有金属味等。
3、过敏：任何药物使用之后都有发生过敏的可能性，主要见于过敏体质的患者，常见的过敏症状有口腔灼痛、口干、口腔内出现红疹及小水疱、嘴唇红肿以及瘙痒等，严重的还有可能出现呼吸困难，不及时处理甚至危及患者生命。
使 用复方氯己定含漱液进行含漱一般不宜超过3个疗程，在出现口腔着色等异常改变时，建议立即停药，前往口腔科进行口腔视诊。还应明确复方氯己定含漱液为外用含漱液，不能咽下，也要避免含漱液溅到眼睛里，以免引发刺激性疼痛症状。