退烧后头疼可能是炎症刺激、脑部缺血、合并感染等原因引起，患者出现头疼等症状时，可在医生的指导下，通过药物治疗的方式进行治疗。
1、炎症刺激：
发热通常是因为体内的炎性介质导致体内致热原增多，刺激体温调节中枢，使体温调节点上移，体内产热增多、散热减少。
炎症介质会刺激脑部神经、血管，使脑部血管神经调节功能紊乱，从而导致血管神经性头疼，此时可遵医嘱服用维生素B1片、布洛芬片等药物进行治疗。
2、脑部缺血：
在发热以及退热的过程当中，身体处于发汗状态，汗液蒸发会导致血液浓缩，使有效循环血容量减少，从而导致颅内血压升高，引起大脑供血不足，退热后血压没有得到改善，就会引起退热后头疼的症状，此时可遵医嘱服用苯磺酸氨氯地平片、缬沙坦氢氯噻嗪胶囊、复方卡托普利片等药物。
3、合并感染：
如果患者退热后，合并、继发其他感染，如病毒性脑膜炎或脑炎等，脑膜受到刺激，血管收缩时张力增加，导致患者会有头疼、发热、呕吐等症状，此时可在医生指导下服用更昔洛韦片、阿昔洛韦片、利巴韦林颗粒等药物进行治疗。
患者出现退热后头疼的症状时，可以去医院呼吸内科或者神经内科就诊，完善脑电图、脑脊液、血常规等检查，治疗期间注意休息，外出时尽量佩戴口罩，防止再次感染。