无患子洗头的副作用通常包括刺激头皮、造成油脂分泌失衡以及诱发过敏，对于符合无患子适应证的患者，需听从医生建议按照适宜的用法使用无患子。
1、刺激头皮：传统医学认为，无患子的药性偏寒，有小毒，若盲目应用无患子洗头，多会使得头皮遭到刺激，可诱发头皮出现刺痛、脱屑、掉发等不良现象。
2、造成油脂分泌失衡：若擅自频繁大剂量使用无患子洗头，通常会使得头皮处的油脂分泌失衡，继而会造成头皮干枯、刺痒等不良现象出现，对头发、头皮的养护不利。
3、诱发过敏：如果对无患子过敏，在此种前提下用无患子洗头，常会诱发过敏反应，出现皮肤红肿、皮疹、红斑等现象。
无患子的味道偏苦、辛，性质偏寒，入心、肺经，可起到散热、杀虫等效果，能减轻喉咙疼、声音发哑、腹痛等现象，也可改善滴虫性阴道炎、癣疾、疳积等疾病，应在得到中医科医生许可后，通过煎汤内服、外用等方法使用无患子调治疾病。
平日应适当清洁头皮，维持头皮清洁、干净，也可轻轻按揉头皮，促使该处血液流动，并按时休息、合理进食富含营养的食物，有益于头发、头皮的健康。