在乳腺癌分期和恶性程度相同的情况下，通常认为三阴性乳腺癌更严重。但是如果没有明确乳腺癌的分期、恶性程度等情况，并不能直接比较乳腺癌三阴和HER2阳性哪个更严重。
无论是三阴性乳腺癌还是HER2阳性乳腺癌，其严重程度取决于分期早晚，分期越晚，病情越严重。如果乳腺癌发现时是早期，没有淋巴结转移，也没有远处器官转移，大多数可以进行根治性手术切除治疗，术后辅助进行化疗、靶向治疗等，很多患者可以存活5年以上，甚至存活10年以上。
如果乳腺癌术后出现复发转移，常常不能治愈，需要在医生指导下进行化疗、靶向治疗等延长生存时间，生存期会比较短。当分期相同时，由于三阴性乳腺癌术后只有化疗、放疗的治疗方式，缺乏内分泌治疗、靶向治疗等治疗手段，会影响患者的生存时间，预后通常比可以进行靶向治疗的HER2阳性乳腺癌更差。
此外，乳腺癌恶性程度越高，越容易发生进展和转移，病情会越严重。如果乳腺癌细胞的分化程度高，恶性程度较低，病情发展的速度会比较慢，病情相对不是特别严重。当癌细胞的分化程度相同时，由于三阴性乳腺癌大多数更容易发生侵袭，增殖往往更加活跃，容易出现进展和复发，相对比HER2阳性乳腺癌病情会更严重。所以三阴性乳腺癌或HER2阳性乳腺癌的严重程度，要看病理报告中对于癌细胞分化程度的描述，分化程度越差，预后越不好，病情越严重，需要更加积极治疗干预。