在临床中，没有明确数据表明喝藿香正气水多久能喝酒。但多数情况下，建议在停用药物2-3天后喝酒，以免影响治疗效果，或引发头痛、头晕等不适症状。此外，在服用药物期间不建议喝酒。
机体摄入大量酒精，容易损伤脾胃，而脾胃有气血生化的作用，如果受到损伤会出现脘腹胀满的现象，食物不易被消化，同时也会影响药物疗效的发挥。并且酒的味道比较辛辣，喝了以后还容易对胃肠道造成一定的刺激，导致患者出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等情况。
藿香正气水属于中药制剂，本身就含有一定的酒精成分，如果患者在服用药物期间喝酒可能会加重病情，还可能会与药物中的有效成分发生相互作用，加重恶心、呕吐等药物不良反应，不利于疾病恢复。
由于每个患者的个人体质不同，所以药物在体内的代谢时间也会有所差异。多数患者在停用药物2-3天后，药物就会在体内完成代谢，这时候喝酒通常不会与药效发生冲突，也不会影响疾病的治疗。患者在用药治疗期间建议增加饮水量，有助于促进机体代谢缓解不适症状，应避免辛辣油腻刺激的食物，如辣椒、花椒、麻椒等，以免影响疾病恢复。