长智齿牙龈出现小洞，常见智齿部位形成盲袋，但也可能是急性牙周脓肿、根尖周炎等原因，需要进行详细的鉴别后，再根据具体情况选择适合的方法进行治疗。
1、盲袋：智齿位于口腔最内侧，由于萌出空间不足引起牙齿阻生的情况，可能会导致阻生牙的面常被软组织牙龈覆盖，从而形成盲袋，外观类似于小洞。盲袋容易滋生细菌，从而引发智齿冠周炎的发生，若不及时拔除阻生齿，可能会导致智齿冠周炎反复发作。对于此类情况，常需要拔除智齿，或者切除部分牙龈等。
2、急性牙周脓肿：实际上是牙周炎发展加重到一定阶段的表现，主要见于牙周袋比较深、牙周袋迂回曲折、袋口较小的牙周炎患者。如果长智齿的同时，相邻牙齿的牙周炎比较严重，由于牙周袋内的感染无法得到有效控制，会急性发作成为急性牙周脓肿。一般经过数天后脓肿会自行破溃，进而表现为牙龈上有破溃口，挤压时有脓液排出。治疗上需要去除牙周袋内的牙结石、牙菌斑，并且使用3%的过氧化氢溶液、0.9%的氯化钠溶液冲洗，在牙周袋内注射抗菌消炎药物进行治疗。
3、根尖周炎：感染发展加重到一定阶段的表现，可形成根尖周脓肿，脓肿蔓延扩散就会突破牙槽骨、骨膜到达黏膜下成为黏膜下脓肿，黏膜下脓肿还有可能自行破溃流出脓液，进而表现为患牙牙龈上出现小洞。如果患牙是智齿前面的牙齿，也可能导致智齿牙龈部位出现小洞。治疗上需要行脓肿切开排脓引流，患牙需要调低咬合，打开牙髓腔，去除牙髓组织，扩通根尖孔引流；还需要使用抗菌消炎药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、甲硝唑片等，感染消除之后进行根管治疗。
因此，当出现智齿牙龈部位有小洞后，建议及时到口腔科就诊，由医生进行口腔检查、影像学检查等，从而明确具体的病因，再予以相应的治疗。