大豆分离蛋白可以直接食用，营养价值较高，但是需要注意进食量，避免一次性食用过多，增加胃肠道负担，出现不适症状，如腹胀等，反而不利于身体健康。
大豆分离蛋白的原料为大豆，含有较多植物蛋白、氨基酸、钙、钾、微量元素、膳食纤维等，并且热量较低，也比较安全，能够补充人体日常所需的营养，还可以提供能量等。但是大豆分离蛋白分散和溶解的性能不佳，不易冲泡，可能会出现结块的现象。此外，大豆分离蛋白口感不佳，存在豆腥味和咸味，在可以接受大豆分离蛋白味道的情况下，通常可以直接食用，并不含有毒物质，通常也不会影响身体健康。
虽然大豆分离蛋白粉去除了大豆中的营养抑制因子胰蛋白酶抑制剂，但是也不可以过量进食大豆分离蛋白，以免影响胃肠道的正常功能，造成消化不良，出现腹泻、腹痛、呕吐等症状。如果对大豆分离蛋白过敏，则不可以吃，以免造成过敏反应，如皮疹、皮肤瘙痒等表现。此外，大豆分离蛋白中不含有雌激素，如果需要补充雌激素，吃大豆分离蛋白通常没有效果。平时要注意多吃新鲜的蔬果，避免熬夜，保证情绪稳定，有利于身体健康。