黑芝麻丸作为一种食品，没有明确的食用时间规定，日常可按照自身需求选择食用时间。
黑芝麻丸主要是以黑芝麻为原料制作而成的食品，中医认为黑芝麻有补肝肾、益精血、润肠燥的功效。食用黑芝麻丸后可以帮助改善精血亏虚、头晕眼花、头发发白、病后脱发、肠燥便秘等症状，但是并没有治疗疾病的作用。
一般建议肠道功能良好的人群晨起或饭前吃黑芝麻丸，主要是因为此时胃肠内残留的食物不多，可以让黑芝麻丸更好地被吸收，发挥更大的作用。肠道较弱的人群则建议饭后吃黑芝麻丸，因为空腹食用可能会刺激胃黏膜蠕动，容易出现腹痛、腹胀等不适症状。
食用黑芝麻丸后，可以通过胃肠道的吸收和分解作用来充分利用其中的营养物质，进而达到营养身体的目的，一般不会因为食用时间影响效果。黑芝麻丸的食用方式因人而异，可用温水送服。如果是含糖的黑芝麻丸，也可以直接吃。此外，需注意并不可以过量吃黑芝麻丸，以免加重胃肠道负担，不利于身体健康。存在黑芝麻过敏的人群，需要避免吃黑芝麻丸。