眼睛眨眼疼，可能与非疾病因素有关，比如眼疲劳、眼内异物等，也可能是由干眼症、倒睫、眼结石、青光眼等疾病因素引起。不同的原因治疗方式不同，主要是一般治疗、药物治疗等。
一、非疾病因素：
1、眼疲劳：如果近期长时间过度用眼，比如长时间伏案写作，或者长时间看手机、平板等电子产品，都可能会造成眼疲劳，从而引起眨眼痛。针对这种情况，应纠正不良的用眼方式，缓解眼疲劳。
2、眼内异物：如果眼睛当中不慎进入异物，因异物刺激，可能会引起眨眼痛，还可能会伴有眼红、眼痒等症状。针对这种情况应及时用清水清洗眼睛，有利于异物及时排出，从而缓解上述症状。
二、疾病因素：
1、干眼症：如果患有干眼症，此时眼睛分泌的泪液不足或者是泪液蒸发太快，致使眼睛长时间无法得到泪液滋润，可能会引起眼睛疼。尤其在眨眼时疼痛症状较为明显，还可能会伴有流泪、眼红等症状，可遵医嘱应用玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等药物治疗。
2、倒睫：如果存在倒睫的问题，因部分睫毛向着眼球方向生长，会对眼球形成刺激，引发眼睛痛，特别是眨眼时疼痛更明显，还可能会伴有流泪、畏光等症状。倒睫数目不多时可直接拔除，数目多时可通过睑板部分切除等手术方式治疗。
3、眼结石：眼结石存在于睑结膜上，呈多发性坚硬的黄点，眨眼时由于结石刺激可引发疼痛，若伴有炎症，可遵医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、氯霉素滴眼液等眼药水治疗，还可在裂隙灯下进行取石。
4、青光眼：该病可导致患者眼压升高，从而引起眼睛疼痛，特别是在眨眼时眼睛疼痛症状比较严重，还可能会伴有视力下降、视野缺损等症状。患者可遵医嘱应用硝酸毛果芸香碱滴眼液、甘露醇注射液等药物迅速控制眼压，还可应用盐酸卡替洛尔滴眼液、盐酸左布诺洛尔滴眼液等药物减少眼内房水生成量，也可以进行手术治疗，比如前房穿刺术、青光眼滤过术等。
5、其它原因：常见于睑腺炎、结膜炎、角膜炎等眼部炎症性疾病，由于眼部存在炎症反应，炎症刺激可能会引起眼睛疼痛，特别是在眨眼时眼睛疼痛症状比较严重，还可能会伴有眼部异物感、流泪等症状。结膜炎患者可遵医嘱应用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物，促使炎症消退，改善临床症状。另外，如果眼睛接触过多紫外线、电焊光，可导致眼睛组织受到刺激或损失，在眨眼时刺激加重可出现疼痛症状，可遵医嘱使用玻璃酸钠滴眼液等药物进行治疗
患者出现眼睛眨眼疼时，在排除非疾病因素后，应及时到医院的眼科就诊，通过裂隙灯检查、视觉电生理检查(眼电图、视网膜电图)、CT检查或者眼部超声检查等明确诊断，然后积极配合医生做好治疗和调理。