睡久了头疼可能是非疾病因素导致，如睡姿不当、血液循环减慢、呼吸变慢等，也可能是疾病因素导致，如脑供血不足、颈椎病等。
一、非疾病因素：
1、睡姿不当：长时间压迫颈部可导致颈部血液循环不良，脑部供血减少后就会出现睡久了头疼，或者睡姿不当导致肩部软组织处于紧张、痉挛状态，压迫颈神经导致头痛。
2、血液循环减慢：机体入睡后迷走神经兴奋，身体内血流速度会相对减慢，机体代谢也会变慢，睡觉时间太长就可能会使大脑出现缺血、缺氧，导致脑内二氧化碳含量增多，长此以往可能会出现头晕、头疼。
3、呼吸变慢：睡眠时呼吸减慢，可导致大脑内的二氧化碳含量增多，大脑内的血液、氧气含量减少，长此以往血液中积蓄的二氧化碳可能会使人出现头晕、头疼、疲惫。
4、其他原因：睡眠时心脏活动变慢，使得心脏外射血量减少，导致大脑容易出现供血不足导致头痛。
二、疾病因素：
1、脑供血不足：机体在睡眠状态下迷走神经兴奋，身体血管扩张，脑部血管也呈现扩张状态，血流量相对减少，血流速度会减慢，睡久后可导致脑部缺血、缺氧、脑供血不足引起头痛。
2、颈椎病：在睡觉时突出的椎间盘可压迫神经出现不适症状，长时间睡觉可能会加重压迫症状，出现头晕、头痛、肢体麻木等症状。
3、其他原因：高脂血症、血小板增多症等可导致全身血液黏稠度增加，血流缓慢，睡觉时间太长使全身血液循环速度进一步减慢，大脑内的血液供应减少，导致头疼。
夜间睡眠时间不宜过长，7-9小时较为合适，如果睡久了头疼的现象持续存在，建议患者及时到医院神经内科就诊，通过血常规、颅脑CT等检查明确诊断。