如果自身舌根部位疼痛，有可能是溃疡而引起的，也有可能是感染、舌咽神经痛、肿瘤所导致的，此时人们可能还会出现舌根红肿、局部出血等不适症状。可以在医生的指导下通过药物治疗、手术治疗等方式进行缓解。
1、溃疡：可能是口腔溃疡长在舌头根部，所以舌根会疼，可出现舌面红、黄、凹、痛等临床症状，可通过肉眼诊断，患者可遵医嘱使用金喉健喷雾剂、桂林西瓜霜、复方氯己定含漱液等药物进行缓解，加速溃疡愈合。
2、感染：可能是舌根部的组织受到感染而产生炎症，从而出现红肿、疼痛等症状，需要根据具体病情用药，若症状轻微，如疼痛轻微，可以遵医嘱服用蓝芩口服液等药物，疼痛症状剧烈者可考虑遵医嘱使用青霉素V钾颗粒等抗生素药物控制感染。
3、舌咽神经痛：是一种神经系统疾病，大多数患者会突然出现疼痛，主要位于咽部、扁桃体区和舌根的一侧，可以反射到同一侧的舌面或外耳深部。此情况下可以考虑遵医嘱应用营养神经的药物，比如维生素B12片等，药物治疗无效时可采取微血管减压术，可识别舌咽神经根的脑干区，分离负责压迫的血管，缓冲材料放置在血管和神经之间，以减轻压力和疼痛，而不会损伤神经和脑组织。
4、肿瘤：若是发生舌部的肿瘤，如舌癌，随着疾病的发展，癌细胞逐渐增大，可能会压迫局部组织，继而导致舌根疼，此时可进行放疗、化疗或者手术治疗。例如遵医嘱应用顺铂注射液等化学药物，药物治疗无明显效果可以进行半舌切除术等手术治疗。
若出现舌根疼的情况，而且症状持续未缓解，建议前往医院口腔科就诊，完善视诊、CT检查等，能够明确诊断，在医生指导下进行针对性治疗，以免延误病情。在日常生活中，避免吃刺激性的食物，如辣椒等，以免导致局部炎症加重，另外，还应该多喝温水，促进局部炎症消退。