肺炎链球菌肺炎常需要与急性结核性肺炎、肺癌、急性肺脓肿等病相鉴别，多数情况下在影像学中区别较明显。
1、急性结核性肺炎：临床表现与肺炎链球菌肺炎相似，X线也有肺实变，但结核病常有低热、乏力，痰中容易找到结核菌。X线显示病变多在肺尖或锁骨上、下，密度不均，久不消散，且可形成空洞和肺内播散；
2、肺癌：少数周围型肺癌X线影像似肺部炎症。但一般不发热或仅有低热，周围血白细胞计数不高，痰中找到癌细胞可以确诊。中央型肺癌可伴阻塞性肺炎，经抗生素治疗后炎症消退，肿瘤阴影渐趋明显，或者伴发肺门淋巴结肿大、肺不张；
3、急性肺脓肿：早期临床表现与肺炎链球菌肺炎相似。但随着病程的发展，出现大量特征性的脓臭痰。致病菌有金黄色葡萄球菌、克雷白杆菌及其他革兰阴性杆菌和厌氧菌等。葡萄球菌肺炎病情往往较重，咳脓痰。X线胸片表现为大片炎症伴空洞。克雷白杆菌肺炎常引起坏死性肺叶炎症，累及上叶多见，痰呈红棕色胶冻样。肺脓肿X线显示脓腔。一旦确诊，需要根据医生的要求采取治疗。