咽喉黏膜属于被覆黏膜，主要是使咽喉活动部位能适应口腔和面部肌肉活动时的伸展，其上皮表层基本无角化或为不全角化，表面光滑潮湿。且上皮细胞透明度较大，结缔组织乳头中毛细血管丰富，所以血色可透过薄而透明的上皮露出来。咽喉黏膜由上皮、基底膜、固有层及黏膜下层组成。

咽喉黏膜具有屏障功能，分为理化屏障、免疫屏障，可以阻止异物、微生物进入深层组织，还可以在受到抗原刺激后发生增殖反应，产生淋巴因子，发挥免疫功能。咽喉黏膜存在感觉功能，对痛觉、触觉和温度觉较敏锐，还具有温度调节及分泌的功能。