牙根囊肿可给予牙根囊肿摘除术，但需注意应由专业的医护人员进行操作。手术过程为沿囊肿外侧的龈缘作切口，直径在1cm以内的小囊肿，只从拔牙创窝内即可切除。

随后需沿牙槽突外侧骨面剥离，掀起粘骨瓣，拔除病牙或残根，用骨凿或咬骨钳除去囊肿外侧隆起变薄的骨壁。

残留囊膜要用剥离器将囊肿完整剥离，再进行局部缝合。

牙根囊肿患者若病牙尚稳固，有保留可能，可行根尖切除或根管治疗，以避免囊肿再发，否则，应同时拔除病牙。牙根囊肿摘除术后5天可根据情况给予拆线，拔除碘仿纱条，冲洗创腔，再填入碘仿纱条，每周更换1-2 次，直到伤口肉芽生长愈合为止。