牙根囊肿主要有根尖囊肿，由牙根发炎引起，还有角化囊肿、成釉细胞瘤，以及颌骨肿物。不同的牙根囊肿，如果不去除，影响亦有不同。牙根囊肿不去除导致的危害具体如下：
1、成釉细胞瘤：若不治疗，囊肿会继续扩大，导致颌骨被吸收，吸收过多时，有可能会引起病理性骨折；
2、角化囊肿：当半侧下颌骨被吸收以后，有可能要进行截骨，此时要从腿上取骨，才能去修复颌骨，手术较大，造成的创伤、费用等均较大。
若患者经过临床检查发现牙根有囊肿，要及时治疗，将囊肿刮掉，配合牙根管治疗，相对比较容易，费用不会太高。如果不去除，发展到颌骨吸收较多时，治疗代价大、费用高、时间长。