磨牙牙根数目和大小存在区别，如上、下前牙和第一、第二前磨牙为单根牙，但上颌第一前磨牙多为双根，其余磨牙均为多根牙。上颌第一、第二磨牙为三根，下颌第一、二磨牙为双根，部分下颌第一磨牙为三根。上、下第三磨牙的牙根变异较多，常呈融合根。大部分牙根近根尖部多弯向远中面，部分牙根呈圆锥形，也可呈扁平形，多根牙分叉可大可小。

磨牙牙根易出现分叉缺损，一般与菌斑相关炎症、牙髓病变、牙根纵裂和医源性相关，需要及时在医生指导下进行相应治疗，包括牙根预备、开放性清创、隧道成形术等。