牙根如果发黑，处理要清楚病因，具体如下：
1、牙根周围牙结石堆积：可以通过全口洁治，即通过超声波洗牙，将龈下结石刮除，可以立竿见影将牙根发黑的问题解决；
2、牙根周围出现龋坏：即牙体组织溃烂，可能需要通过牙钻将周围的龋坏组织彻底打掉，并且做洞型，通过冲洗、消毒、隔湿、吹干以后再进行牙科材料的填塞。牙科材料既要选择生物相容性好的，同时要尽量与牙齿的颜色接近，并且要选用无毒的牙科材料进行填塞，可以将问题处理好；
3、体内重金属过量：导致牙根发黑，要调整生活饮食，工作中尽量少接触重金属，观察是否能够改善问题。