扁桃体结石多为灰白色、表面粗糙、质地坚硬的结石。结石较小可无明显症状或不适，结石体积较大者可出现咽痛、喉咙不适、口臭、耳闷痛等症状。其发病机制不明，可能与长期慢性炎症使扁桃体窝口堵塞，随之脱落的上皮细胞的黏膜上皮、死亡的细菌、食物残渣等聚集在扁桃体隐窝钙化后形成。

可用勺子等干净物体向下压住舌头，用镜子观察扁桃体处，可发现灰白色、质地较硬的细小砂石，或可以在肿大的扁桃体内触及较硬的肿块，触碰时有轻微痛感。如果并发了扁桃体炎症时，可见舌腭弓出现慢性充血、患侧舌腭弓向前隆起，扁桃体肿大，表面黏膜可由脓性渗出物。当挤压患侧扁桃体时，扁桃体隐窝口可有少量白色豆腐渣样分泌物溢出。