胆总管由肝总管与胆囊管汇合而成，长7-8cm，管径0.6-0.8cm。胆总管可分为4段，即十二指肠上段、十二指肠后段、胰腺段、十二指肠壁段。

十二指肠上段

为胆总管最长的一段，位于肝十二指肠韧带内，沿小网膜右缘下行，左侧为肝固有动脉，两者之后为门静脉。三者间以疏松结缔组织连结，共同包被于肝十二指肠韧带内。此段的腹侧为网膜孔，背侧为门静脉。

十二指肠后段

为胆总管从十二指肠上部上缘到胰头上缘之间的一段，长1.0-2.0cm。此段左侧1-2cm为胃十二指肠动脉，该动脉于十二指肠上部的后方下行并逐渐更加靠近胆总管。其位于十二指肠上部后方、下腔静脉前方、肝门静脉右侧。

胰腺段

位于胰头后面与十二指肠降部之间形成的胆总管沟内，长约3cm。此段从胰头背面向下微向右行，在十二指肠降部的上部分的内侧面靠近内侧缘。此段在十二指肠上部与降部结合处下方0.5cm进入十二指肠降部后内侧壁而终止。

十二指肠壁段

斜穿十二指肠降部中份的后内侧壁，与胰管汇合后形成略膨大的肝胰壶腹（Vater壶腹），开口于十二指肠大乳头。此段长约1.5cm，与胰管汇合。

胆总管十二指肠上端为最长的一段，沿肝十二指肠韧带右侧缘走行，是胆总管切开探查引流术的常用部位。胆总管胰腺段由一薄层胰组织覆盖，位于胆总管沟内，发生胰头癌或慢性胰腺炎时，此段胆总管常受累而出现梗阻性黄疸，因此胰腺段可作为梗阻性黄疸的首要检测部位。胆总管十二指肠壁段在逆行性胰胆管造影术及壶腹切开术时，可作为寻找十二指肠大乳头的标志。