不能消化金针菇的原因可能是细胞壁成分特殊、人体消化酶缺乏针对性、纤维结构与人体消化机制不匹配等，不同人群应根据自身情况合理选择是否食用，并注意食用方式和量，若在食用后出现严重不适症状，应及时就医。
1、细胞壁成分特殊：金针菇的细胞壁主要由几丁质构成，几丁质是一种多糖类物质，其化学结构稳定且复杂。与其他常见食物中的细胞壁成分如纤维素相比，几丁质更难以被人体消化系统中的酶类所分解。在人体胃肠道内，一般的消化酶如淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶等对几丁质几乎没有分解作用。如蔬菜中的纤维素虽然也较难消化，但在肠道微生物的协同作用下，仍有部分能够被分解代谢。而金针菇的几丁质在胃肠道的消化过程中，基本能维持其完整的结构，从而导致金针菇在经过人体消化后，常常以较为完整的形态排出体外，给人直观的难以消化的印象。
2、人体消化酶缺乏针对性：人体消化系统在漫长的进化过程中，主要适应了对常见食物成分的消化分解。从口腔中的唾液淀粉酶开始，其主要作用是分解淀粉类物质，对于金针菇中的几丁质毫无作用。进入胃部后，胃酸激活胃蛋白酶原转变为胃蛋白酶，胃蛋白酶专注于蛋白质的分解，而金针菇的几丁质并非蛋白质，无法被胃蛋白酶消化。在小肠中，胰液和胆汁分泌进入小肠腔，胰液中的多种消化酶以及胆汁的乳化作用主要针对脂肪、蛋白质和碳水化合物等营养成分，依然对金针菇中的几丁质无能为力。尽管肠道内存在大量微生物，在食物消化过程中也扮演着重要角色，但对于金针菇的几丁质，肠道微生物的分解能力也相对有限。无法将其彻底分解为可吸收的小分子物质，这使得金针菇在人体消化管道中难以被充分消化吸收。
3、纤维结构与人体消化机制不匹配：金针菇的纤维结构较为坚韧且细长，在经过口腔咀嚼和胃肠道蠕动的过程中，这种纤维结构不易被破坏和分解。人体胃肠道的蠕动主要是推动食物在消化管道内移动并进行混合搅拌，以便消化酶能够充分作用于食物。金针菇的纤维在这种蠕动过程中难以被有效研磨和分解，其在肠道内就像一根根细丝，难以被肠道的消化机制所处理。而且金针菇的这种纤维结构在肠道内还可能会阻碍其他食物成分与消化酶的充分接触，进一步影响整体的消化效率。使得其更难以被消化吸收，最终大部分只能以未被充分消化的状态通过肠道，随粪便排出体外。
食用金针菇时，应尽量充分咀嚼，将其尽可能地嚼碎。这样可以破坏金针菇的纤维结构，使其中的部分营养成分能够在口腔和胃内初步分解，减轻胃肠道后续的消化负担。如吃金针菇时细嚼慢咽，每口咀嚼20-30次，有助于提高消化效率。
不适合食用金针菇的人群
- 如患有严重胃溃疡、十二指肠溃疡、胃肠梗阻、克罗恩病等胃肠疾病的患者，本身胃肠道的消化和吸收功能已经严重受损。金针菇的难以消化特性可能会加重胃肠道的负担，导致腹痛、腹胀、恶心、呕吐等症状加剧，甚至可能引发胃肠道出血、穿孔等严重并发症。如胃溃疡患者的胃黏膜已经存在溃疡面，金针菇在胃内难以消化，可能会摩擦刺激溃疡面，使疼痛加剧，延缓病情恢复。
- 老年人的牙齿咀嚼能力下降，胃肠道消化功能也逐渐减退。幼儿的消化系统尚未发育完全，消化酶分泌不足。金针菇的坚韧结构对于他们来说更难以处理，容易导致消化不良。如幼儿食用金针菇后可能出现积食、腹泻等情况，老年人则可能因消化不良而影响营养吸收，导致身体虚弱。