孩子肚子疼时，家长应根据孩子的具体症状和情况选择合适的科室就诊，常见的科室选择有小儿内科、小儿消化内科、小儿外科、急诊科等。
1、小儿内科：对于不明原因的腹痛，或者疑似消化不良、肠胃炎、肠系膜淋巴结炎等内科疾病引起的腹痛，可以先挂号小儿内科。小儿内科医生能够对孩子进行全面的身体检查，评估腹痛的可能原因，并给出初步的诊断和治疗建议。
2、小儿消化内科：如果怀疑腹痛与消化系统直接相关，如胃炎、胃溃疡、肠炎等，应就诊于小儿消化内科。该科室的医生能够对孩子的腹痛进行针对性的诊断和治疗，包括开具必要的检查单，如胃镜、肠镜等和制定治疗方案。
3、小儿外科：如果腹痛突然发作且剧烈，可能与外科疾病相关，如阑尾炎、肠套叠、疝气、肠梗阻等，应立即就诊小儿外科。外科医生会根据孩子的症状和体征，判断是否需要手术治疗。
4、急诊科：对于突发、严重的腹痛，且无法判断具体科室时，应立即前往急诊科。急诊科医生会迅速评估孩子的病情，并采取必要的急救措施，同时根据病情将孩子转诊至相应的科室进行进一步治疗。
如果腹痛与特定疾病相关，如肾脏或膀胱问题、免疫性疾病等，应直接就诊于相关科室，如小儿泌尿科、小儿风湿免疫科等。同时，家长也应注意观察孩子的病情变化。