小便时尿道疼痛是一种常见的泌尿系统症状，可能由多种原因引起，包括生理结构异常、尿道感染等，建议及时就医明确诊断，并就医针对性处理。
1、生理结构异常：如尿道狭窄、尿道憩室等生理结构异常，可能导致尿液通过尿道时受阻，引起疼痛。应根据具体情况选择合适的手术治疗方法，如尿道扩张术、尿道内口切开术等，以改善尿道结构，缓解症状。
2、尿道感染：尿道感染通常由细菌、真菌或病毒等微生物侵入尿道引起，导致尿道黏膜受损，引发疼痛。建议及时就医，进行尿常规及细菌培养等检查，明确诊断后使用敏感抗生素进行治疗。还要保持良好的个人卫生习惯，多喝水以促进排尿，有助于冲洗尿道，缓解症状。
3、尿路结石：尿路结石是在泌尿系统中形成的硬质矿物质结晶，可能存在于肾脏、输尿管、膀胱或尿道中，当结石在尿道移动时，会刺激尿道黏膜，引起疼痛。可根据结石的大小和位置，选择合适的治疗方法，小结石可通过增加饮水量和运动量促进排出；大结石或难以排出的结石，则需考虑体外冲击波碎石术或手术治疗。
针对不同病因，需采取相应的处理措施。在日常生活中，保持良好的个人卫生习惯，多喝水，避免不洁性生活，有助于预防此类疾病的发生。如出现尿道疼痛症状，应及时就医，以免延误病情。