制吴茱萸是吴茱萸经过炮制后的中药材，其主要功效为散寒止痛、止呕、止泻。在使用时应根据具体病情和患者体质，合理配伍，严格掌握剂量和用法，避免不良反应的发生。
制吴茱萸性热，有较强的散寒止痛作用，尤其善于治疗寒凝肝脉所致的各种疼痛。如寒疝腹痛，即因寒邪凝滞肝经，导致阴囊坠胀冷痛，牵引少腹，制吴茱萸可与小茴香、乌药等配伍，以散寒行气止痛。对于妇女宫寒痛经，症见经期或经前小腹冷痛、得热痛减、经行不畅、色暗有块等，制吴茱萸常与当归、川芎、肉桂等药同用，以温经散寒、活血止痛。还可用于治疗寒湿脚气肿痛，即因寒湿下注，导致足部肿胀、疼痛、麻木等，制吴茱萸可与木瓜、苏叶、槟榔等配伍，以散寒除湿、通络止痛。
制吴茱萸有降逆止呕之功，可用于多种呕吐病症。对于胃寒呕吐，症见呕吐清水、胃脘冷痛、喜温喜按等，制吴茱萸可与生姜、半夏等配伍，以温胃散寒、降逆止呕。若为肝胃不和所致的呕吐吞酸，即因肝郁化火，横逆犯胃，导致呕吐酸水、胸胁胀痛、口苦咽干等，制吴茱萸可与黄连配伍，如左金丸，以疏肝泻火、和胃降逆。此外，对于妊娠恶阻，即孕妇出现恶心呕吐、头晕厌食等症状，若属脾胃虚寒者，也可用制吴茱萸与党参、白术、砂仁等药配伍，以温中健脾、降逆止呕。
制吴茱萸能温脾益肾、涩肠止泻，常用于治疗虚寒泄泻。如脾肾阳虚所致的五更泄泻，症见黎明前腹痛泄泻、肠鸣即泻、泻后则安、形寒肢冷、腰膝酸软等，制吴茱萸常与补骨脂、肉豆蔻、五味子等配伍，如四神丸，以温肾暖脾、固肠止泻。对于脾胃虚寒所致的久泻不止，症见大便稀溏、脘腹冷痛、食少便溏等，制吴茱萸可与党参、白术、干姜等药同用，以温中健脾、涩肠止泻。