超声波体外碎石对肾脏有短期伤害，如组织轻微损伤、肾绞痛，还可能会有长期伤害，如肾萎缩、慢性肾功能不全等，与能量设置和碎石次数有关。
1、肾脏组织的轻微损伤：超声波聚焦在结石上时，结石周围的肾脏组织也会不可避免地受到一定程度的能量波及。可能会导致肾脏组织的微小损伤，如引起肾实质内的小血管破裂出血。一般来说，出血通常是少量的，大多数患者可能会出现短暂的血尿现象。在碎石后的一段时间内，通过自身的凝血机制和组织修复功能，小的损伤通常能够逐渐恢复。
2、肾绞痛：超声波体外碎石后，结石被击碎成小颗粒，在排出的过程中可能会引起肾绞痛。因为碎小的结石在通过输尿管时可能会刺激输尿管平滑肌，引起输尿管痉挛。肾脏作为泌尿系统的一部分，会对输尿管的这种痉挛和梗阻产生反应，导致疼痛，可能较为剧烈，会感到腰部或腹部的剧痛，不过并非是对肾脏本身的直接损害，而是结石排出过程中的一种正常生理反应。
3、肾萎缩：如果超声波体外碎石的能量设置过高或者碎石次数过多，可能会对肾脏造成较为严重的长期损害，如导致肾萎缩。过高的能量和频繁的碎石操作会不断破坏肾脏的正常结构，使肾组织逐渐失去功能，长期下来肾脏的体积可能会缩小。肾萎缩一旦发生，肾脏的滤过功能、内分泌功能等都会受到严重影响，会影响身体的代谢废物排泄和内环境稳定等。
4、慢性肾功能不全：多次不合理的超声波体外碎石可能会引发慢性肾功能不全。由于肾脏长期受到超出承受范围的损伤，肾脏的功能单位逐渐减少，最终无法正常完成代谢废物的排泄、调节水电解质和酸碱平衡等功能。会逐渐影响身体的各个系统，出现水肿、贫血、高血压等一系列症状，严重威胁身体健康。
超声波体外碎石虽然是治疗泌尿系统结石的有效方法，但必须严格把握适应证，合理控制能量和碎石次数，以最大程度降低对肾脏的伤害。