肠血栓的形成是一个复杂的过程，由多种因素共同作用所致，包括血液高凝状态、血管内皮损伤、血流缓慢、动脉粥样硬化和遗传因素等方面。
1、血液高凝状态：某些生理或病理情况可导致血液处于高凝状态，如长期卧床、妊娠、产后，体内凝血因子增多，抗凝物质减少，或者患有恶性肿瘤时，肿瘤细胞可释放促凝物质，增加血栓形成风险。这种情况较为常见，通过调整生活方式或治疗基础疾病可改善。
2、血管内皮损伤：血管内皮受损是肠血栓形成的重要原因。外伤、手术、感染等因素可直接损伤血管内皮，使内皮下胶原暴露，激活血小板和凝血系统，如腹部手术，可能会在术后短期内影响肠道血管内皮，诱发血栓。
3、血流缓慢：心力衰竭、久病卧床、下肢静脉曲张等可使血流速度减慢，血液在缓慢流动中容易发生凝固，形成血栓，长期久坐的办公族，下肢血液回流不畅，也可能出现这种情况，但通常调整活动量后能有所缓解。
4、动脉粥样硬化：动脉粥样硬化斑块破裂或脱落，可阻塞肠道血管，形成血栓，在老年人中较为多见，常与高血压、高血脂、糖尿病等慢性病相关，随着病情进展，斑块逐渐增大，增加血栓形成的可能性。
5、遗传因素：部分人存在遗传缺陷，导致抗凝蛋白缺乏或凝血因子异常，易形成血栓，如蛋白C、蛋白S缺乏，抗凝血酶Ⅲ缺乏等，这类人群发生肠血栓的风险相对较高，且治疗难度较大。
肠血栓如不及时处理，可导致肠道血液供应中断，引起肠缺血、肠坏死，甚至穿孔、腹膜炎等严重后果，危及患者生命。