结石疼痛的部位与结石的部位直接相关，不同部位的结石会引起不同位置的疼痛，包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石、胆结石等。
1、肾结石：疼痛部位大多数位于肾区，又称为脊肋角，主要在腰背部，从后面看是在胸部肋骨与脊柱的夹角部位。当结石嵌顿在输尿管时，疼痛可以向下腰部、下腹部放射，甚至放射到会阴部以及大腿内侧。较小的结石可随意移动，造成严重的肾绞痛，多在深夜发作，以腰腹部开始，向下放射至膀胱，男性患者还会出现睾丸疼痛。
2、输尿管结石：疼痛部位取决于结石在输尿管中的位置，上段输尿管结石疼痛大多数也是在腰背部，但疼痛剧烈时，可以向下腰部、下腹部放射，甚至放射到会阴部以及大腿内侧。而下段的输尿管结石，有时会转向腹侧，变为下腹疼痛。当输尿管结石位于输尿管末段时，疼痛的部位往往是位于小腹部偏一侧。
3、膀胱结石：疼痛部位大多数位于腹部、小腹，也就是耻骨上区。当尿液排出受阻或膀胱壁受刺激时，可出现排尿时下腹疼痛，可向会阴部以及男性阴茎放射。
4、尿道结石：疼痛部位主要位于尿道，通常发生在排尿时，尿道卡住结石，会出现明显的尿流中断和疼痛。
5、胆结石：胆囊结石表现为右上腹剧烈阵痛，可向右侧肩部或背部放射，为胆绞痛，同时右上腹有明显触痛。肝外胆管结石表现为右上腹绞痛，但肝内胆管结石常无明显症状，当患者出现结石堵塞胆管，引起胆管扩张或胆道感染等情况下，可出现右上腹胀痛。
需要注意的是，结石疼痛的部位和性质可能会因结石的大小、位置、活动度以及是否伴有感染、梗阻等因素而有所不同。因此，如果出现上述部位的疼痛，应及时就医，由专业医师进行诊断和治疗。