咽拭子是从咽部和扁桃体取分泌物作细菌培养或病毒分离，其操作流程主要是受检者配合医生打开口腔，伸舌后取咽喉部分泌物作为检测样本，然后进行测试。具体操作如下：
1、先请受检者坐下，头后倾，张大嘴；
2、采样者用压舌板固定舌头，用棉拭子越过舌根到咽后壁及扁桃体隐窝、侧壁等处；
3、手持棉拭子反复擦拭咽喉部位3-5次，收集黏膜细胞；
4、轻轻取出棉拭子，避免触及舌头、悬雍垂、口腔黏膜和唾液；
5、将棉拭子插回采样装置中或适宜的转运装置中。
此外，还要注意，在进行咽拭子采集时，采集环境尽量通风，操作者应站在上风口。若使用 2个无菌拭子采样管，需分别粘贴检验条形码，以免混淆或丢失。
采集口咽拭子时，避免在进食后2小时内采样，以免刺激咽部引起呕吐等不适。如果清晨采样，应在被采集人员未进食喝水前采集咽拭子。
采集样本时，采样部位要深入到咽后壁和两侧扁桃体处。采集过程中，采样管应保持无菌。拭子不得触及无菌拭子采样管管口及其他部位，避免标本被污染而影响检验结果。