尿培养查出三种以上菌，可能由标本污染、复杂泌尿系统疾病、机体免疫力低下、反复使用抗生素、多部位感染扩散等原因导致，同时也对应相应治疗方式，如多次留取标本复查、药物治疗、手术治疗等。
1、标本污染
留取尿液标本过程中，若未遵循无菌操作规范，如未清洁尿道口、容器不洁净，或标本留取后未及时送检，都可能混入外界细菌，造成多种菌生长的假象。治疗时需重新严格按照无菌操作规范留取清洁中段尿送检，确保尿液标本不被污染，必要时可多次留取标本复查，以明确真实的细菌培养结果。
2、复杂泌尿系统疾病
泌尿系统存在结石、畸形、狭窄等结构异常，或留置导尿管、膀胱造瘘管等异物，会破坏尿路正常的防御机制，为多种细菌滋生创造条件。治疗上，对于结石患者，可根据结石大小、位置，采用药物排石、体外冲击波碎石或手术取石；针对畸形、狭窄等结构异常，常需手术矫正；而对于留置导尿管等异物，若病情允许，应尽早拔除，同时根据药敏结果使用敏感抗生素抗感染治疗。
3、机体免疫力低下
患有糖尿病、艾滋病，或长期使用免疫抑制剂、接受放化疗等，会使机体免疫功能受损，无法有效抵御细菌入侵，易导致多种细菌在尿路繁殖。治疗时，需积极治疗基础疾病，如糖尿病患者控制血糖，艾滋病患者进行抗病毒治疗；同时，合理调整免疫抑制剂等药物用量，在抗感染治疗方面，应选用广谱且强效的抗生素，并延长治疗周期。
4、反复使用抗生素
频繁或不规范使用抗生素，会破坏尿路正常菌群平衡，使耐药菌及条件致病菌大量繁殖。治疗上，首先需停用不必要的抗生素，根据尿培养及药敏试验结果，精准选择敏感抗生素，足量、足疗程治疗，必要时联合使用不同种类抗生素以提高疗效。
5、多部位感染扩散
若邻近器官如前列腺、精囊、肠道等存在感染，细菌可通过直接蔓延或经淋巴、血液途径扩散至尿路，引发多种细菌混合感染。治疗时，需同时对原发病灶及泌尿系统感染进行治疗，针对不同感染部位和病原菌，选用合适的抗生素，并配合局部治疗，如前列腺按摩、坐浴等辅助治疗。
尿培养查出多种菌时，需全面评估患者情况，明确病因后进行个体化治疗，治疗过程中应定期复查，根据病情调整治疗方案，以确保治疗效果。