HPV66感染后E6E7阳性出现时间无统一答案，短则1-3个月，长则1年以上，甚至始终不出现，核心取决于病毒复制活性与宿主免疫力。若感染后E6E7持续阳性，提示病毒活跃且致癌风险升高，需定期随访监测；若短期阳性后转阴，多为免疫清除的结果。临床中需结合病毒载量、免疫状态等综合评估，而非单纯以时间判断风险。
病毒感染初期多处于潜伏状态，此时病毒DNA整合到宿主细胞基因组前，E6、E7基因表达受抑制，检测可能呈阴性。这一阶段持续时间不等，免疫力较强者可能长期潜伏，甚至自行清除病毒，始终不出现E6E7阳性；而免疫力较弱者，病毒易突破免疫监视开始复制，通常在感染后1至6个月内可能检测到E6E7阳性，但部分患者可能延迟至1年以上。
病毒复制速率是影响E6E7阳性出现时间的核心因素，当HPV66在宿主细胞内大量繁殖时，其基因组激活，E6、E7基因转录增强，进而表达相应蛋白。若感染初期病毒载量较高，病毒复制活跃，E6E7阳性出现时间可能提前至感染后1至3个月；若病毒载量低、复制缓慢，则阳性出现时间会显著推迟，甚至在病毒被清除前始终不呈现阳性。
宿主免疫功能是决定感染结局与E6E7表达的关键变量，健康成年人免疫系统可通过T淋巴细胞、自然杀伤细胞等清除HPV，若免疫功能正常，即使病毒短暂复制引发E6E7低表达，也可能在数月内被抑制，检测时呈阴性；而免疫缺陷人群，如HIV感染者、长期使用免疫抑制剂者，免疫清除能力下降，病毒易持续活跃，E6E7阳性出现时间更早，且阳性持续时间更长，细胞癌变风险也随之升高。
感染部位的细胞微环境同样影响E6E7阳性出现时间，宫颈、阴道等黏膜上皮细胞若存在慢性炎症、损伤等情况，会降低局部免疫防御能力，为HPV66复制提供有利条件，可能加速E6E7基因激活；而黏膜组织完整、无炎症的部位，病毒复制受抑，E6E7阳性出现时间相对较晚，甚至不出现。
临床检测技术的敏感性也会对结果判断产生影响，普通PCR检测可能在病毒载量较低时漏诊E6E7阳性，而实时荧光定量PCR等高精度检测技术，能更早发现低水平的E6E7基因表达，这使得不同检测方法下，“阳性出现时间”的判断可能存在差异，需结合检测技术特性解读结果。