胃肠功能紊乱由多种因素所致，饮食方面的不规律与刺激、精神心理的不良状态等，均可能单独或协同作用，打破胃肠正常运作，引发功能紊乱现象。
1、饮食因素：长期不规律进食，如不定时用餐、暴饮暴食，易打乱胃肠正常节律，过度食用刺激性食物，像辛辣、油腻、生冷者，可刺激胃肠黏膜，导致其分泌与蠕动功能失调，食物过敏也可能引发胃肠功能紊乱，出现腹痛、腹泻等不适。
2、精神心理因素：长期处于精神紧张、焦虑、抑郁或压力过大状态，会通过脑-肠轴影响胃肠神经系统，例如紧张时胃肠蠕动加快或痉挛，引起腹痛、腹泻；而抑郁时则可能导致胃肠蠕动减慢，引发腹胀、便秘等，致使胃肠功能失衡。
3、肠道菌群失调：抗生素滥用、饮食结构不合理、感染等因素可破坏肠道内正常菌群平衡，有益菌减少，有害菌增多，会影响食物消化与吸收过程，产生气体积聚、肠道炎症等，进而造成胃肠功能紊乱，表现为腹胀、嗳气、排便异常等症状。
4、胃肠动力异常：如糖尿病、甲状腺功能亢进或减退等，可影响胃肠神经调节或激素分泌，使胃肠动力出现异常，胃肠蠕动过快易致腹泻，过慢则易引发便秘、腹胀等，打乱胃肠正常的排空与消化进程，导致功能紊乱。
对于胃肠功能紊乱的检查，通常包括胃肠镜检查，可直观查看胃肠道黏膜状况；粪便常规与潜血试验，辅助判断有无肠道炎症或出血；还可进行胃肠动力检测，了解胃肠蠕动功能；以及呼气试验，排查是否存在幽门螺杆菌感染等。
胃肠功能紊乱的治疗措施
饮食调整：建立规律的饮食习惯，定时定量进食，避免刺激性食物，如辛辣、油腻、咖啡等，增加膳食纤维摄入。
药物治疗：根据症状选用药物，如胃肠动力不足导致便秘时，可遵医嘱使用莫沙必利等促动力药；腹泻则可使用蒙脱石散止泻；伴有腹痛可服用匹维溴铵等调节肠道痉挛；若存在肠道菌群失调，补充益生菌制剂，如双歧杆菌四联活菌片等。
中医治疗：采用中药调理脾胃功能，如健脾和胃、疏肝理气的方剂，还可进行针灸、推拿、艾灸等疗法，刺激特定穴位，促进胃肠气血运行，增强胃肠功能，改善不适症状，且副作用相对较小，整体调理效果较好。