结肠炎通常要做肠镜检查肠镜检查，因为肠镜检查可以直接观察结肠和末端回肠的黏膜状态，这是其他检查方法无法替代的。
- 肠镜可以让医生直接观察到肠道黏膜的变化，如红斑、水肿、溃疡、糜烂、息肉或是其他形态学改变，这都是结肠炎的典型表现。在肠镜检查过程中，医生可以从疑似病变区域取样进行活组织检查，这是诊断炎症性肠病如溃疡性结肠炎和克罗恩病的金标准。
- 肠镜检查还可以帮助排除与结肠炎症状相似的其他疾病，如肿瘤、憩室病、肠结核、感染性肠炎等。对于已知的结肠炎患者，肠镜检查可以用来监测疾病的活动性和进展，评估治疗效果。长期的结肠炎，特别是溃疡性结肠炎会增加结肠癌的风险，定期的肠镜检查有助于预防癌症。
在某些情况下，肠镜检查可以进行治疗，例如移除息肉或是直接给予局部治疗等。如果要做肠镜，在检查前一天应采用无渣饮食，并在检查前几小时使用泻药清洁肠道，确保肠道内的残留物尽可能少，以便于医生观察。