洋葱发芽后在营养、口感、微生物风险和生物活性物质方面有一定变化，但只要处理得当仍然可以食用，不过品质和营养价值可能有所降低。
1、营养成分变化：洋葱发芽后一部分营养物质会被新芽生长所消耗，但主要的营养成分如维生素C、膳食纤维等仍保留一定量，虽然含量可能有所降低，但依然能为人体提供一定的营养支持，不会对人体健康造成直接危害。
2、口感和风味改变：发芽的洋葱质地可能会变得稍软，口感不如新鲜未发芽的洋葱脆嫩，辛辣味可能会有所减弱，风味也会有所改变，但这只是在食用体验上的差异，并不影响基本的可食用性。
3、潜在微生物风险：随着发芽过程洋葱表面的湿度和温度可能发生变化，这可能会增加微生物滋生的风险，只要在正常的储存条件下，并且没有明显的霉变迹象，微生物含量一般仍在安全范围内，经过适当处理后可以食用。
4、可能的生物活性物质变化：洋葱中含有一些生物活性物质，具有抗氧化、抗炎等作用，发芽后这些物质的含量和活性可能会发生一定变化，但目前研究尚未明确具体影响程度，一般认为适量食用发芽洋葱不会对人体健康产生显著不利影响。
如果洋葱发芽且出现了霉变、腐烂等明显变质迹象，应坚决丢弃，在食用发芽洋葱时要将发芽部分尽量切除干净，并充分清洗和烹饪，以确保食品安全。