扁桃体结石是否会自己消失取决于多种因素，虽然在一些轻微的情况下有可能自行消失，但大多数情况下需要采取适当的治疗措施才能有效去除结石。
- 在一些较为轻微的情况下，扁桃体结石可能会自行消失，如当患者通过咳嗽、吞咽等动作时，有可能会使一些较小的结石松动并排出体外，如果患者保持良好的口腔卫生习惯，增加口腔清洁的频率，如经常漱口、使用温和的口腔清洁剂等，也可能促使一些较小的结石溶解或松动，从而有自行消失的可能。
- 大多数情况下，扁桃体结石难以自行消失，如果扁桃体结石较大或者数量较多，通常会持续存在，并可能引起一系列不适症状，较大的结石可能会对周围组织产生压迫，导致咽部异物感、疼痛、口臭等问题，结石的存在还可能引发炎症反应，使扁桃体出现红肿、发炎等症状，进一步加重患者的不适。
- 一些特定的因素也会影响扁桃体结石是否能自行消失，如饮食习惯对扁桃体结石的形成和发展有一定影响，如果患者经常食用辛辣、刺激性食物，或者食物残渣容易残留在口腔内，就会增加扁桃体结石形成的风险，并且不利于结石的自行消失，而保持均衡的饮食，减少刺激性食物的摄入，多吃富含维生素和矿物质的食物，则可能对预防和缓解扁桃体结石有一定帮助。
个体的身体状况也很重要，如果患者的免疫力较强，身体能够有效地抵抗细菌感染，那么可能会减少扁桃体结石形成的机会，并且在一定程度上有助于结石的自行消退，如果患者免疫力低下，容易反复发生口腔和咽部感染，就会增加扁桃体结石形成的可能性，并且难以自行消失。
扁桃体结石怎么办
1、保持口腔清洁：日常要认真刷牙，使用牙线清洁牙缝，饭后及时漱口，可以使用温和的漱口水，如生理盐水或含抗菌成分的漱口水，以减少口腔细菌滋生，防止扁桃体结石形成。
2、加强锻炼增强体质：适度的体育锻炼可以增强身体免疫力，减少上呼吸道感染的发生，上呼吸道感染容易引起扁桃体发炎，进而增加扁桃体结石的形成风险。可以选择适合自己的运动方式，如散步、跑步、游泳等，每周进行一定次数的锻炼。
3、口腔冲洗：可以使用专业的口腔冲洗器，用温水或生理盐水对口腔进行冲洗，冲洗时，将喷头对准扁桃体部位，轻轻冲洗，有助于将结石冲出，但要注意操作的力度和角度，避免损伤扁桃体组织。