长期吃益生菌的危害，主要包括出现依赖性、造成肠道菌群紊乱，另外还可能引起胃肠道不适、营养不良，甚至增加感染的概率。
1、出现依赖性
长期服用益生菌会造成依赖性，一旦停服，就可能出现胃肠道不适，也可能造成胃肠道繁殖有益菌能力下降的情况，不利于肠道健康。
2、造成肠道菌群紊乱
肠道菌群处于一个相对平衡状态，如果长期额外增加外源性益生菌，就可能打破平衡，造成肠道菌群紊乱，易引起腹泻、腹胀等不适症状。
3、引起胃肠道不适
如果自身不缺乏益生菌，长期额外补充就可能引起胃肠道不适，表现为恶心、腹痛、腹泻等症状，干扰了肠道自身功能，不利于微环境平衡。
4、引起营养不良
存在胃肠消化不良的人群遵医嘱服用益生菌可以起到改善作用，但如果长期服用，则可能进一步弱化肠道的蠕动功能，从而加重消化不良。长此以往，就容易引起营养不良。
5、增加感染的概率
不存在肠道益生菌缺乏的人群，如果长期自行服用，则可能会增加感染概率，如真菌血症、脓毒症等。
因此，不建议长期大量服用益 生菌。如有需要，应就医明确诊断，符合适应证的患者可遵医嘱补充。