上海中医药大学附属曙光医院东院内镜中心，设置胃肠镜诊疗室、VIP诊疗室、ERCP室、内镜手术室。设立内镜日间病房拥有10张内镜诊疗床位，设置专职医护人员管理，用于内镜治疗后的留观及方便行动不便及年迈患者的围检查期的准备。麻醉复苏区每个床位配备了独立的监护系统，确保麻醉患者术后复苏安全。内镜中心配置内镜高清主机、全球最新型消化内镜，拥有设施先进的内镜清洗消毒中心，有独立水处理及中央供气中心，保证所有的内镜和配件在使用前均达到相应的消毒、灭菌的要求，保障病人安全。内镜中心独立开设收费窗口，患者可直接在内镜中心完成后续收费，无需往返奔波于门诊收费窗口与内镜中心。术前准备及术后观察室配备专业的护理人员，在保障患者诊疗安全和舒适的同时，保护了患者的隐私。内镜中心创新设置了内镜专科便民门诊，对所有当日行内镜检查的患者开放，提供报告分析、用药指导等医疗服务。所有高年资医师专家门诊均设置在内镜中心独立诊室，为疑难疾病提供专业诊疗，在六字方针：“精检、服务、创新”指导下，为完善真正的消化疾病中西医结合“一站式”内镜诊治流程，联合消化医学部MDT团队，为每个接受普通胃肠镜检查的患者根据检查结果提供最合适的诊疗方案。并因此获得2018上海市卫生计生系统“最美服务窗口”称号。在龚彪主任、岑戎主任以及潘亚敏主任领导下大力发展各种业务，胃肠镜相关检查及治疗；常规胃肠镜检查；放大内镜精检；电子染色内镜精检；食道胃静脉曲张治疗；消化道异物取出术；消化道支架植入术；胃肠营养管置管术；内镜下紧急止血；胃肠道息肉摘除；EMR；ESD；POME；ERCP相关检查及治疗；成人、小儿ERCP及其复杂ERCP(肝移植术后国内外ERCP失败者)；IDUS；Spyglass；pCLe；特殊内镜；小肠镜；超声内镜及FNA；胶囊内镜；共聚焦内镜等。努力做到内镜诊疗项目全覆盖，并成为上海ERCP疑难病例诊疗中心、世界内镜医师学会（中国地区）消化内镜学会主任委员单位、上海市医学会食管胃静脉曲张专病诊疗联盟医院、国家消化临床研究中心——早期胃癌筛查研究协同网络协作中心、国家消化疾病临床医学研究中心（上海）——“内镜新技术”消化道早癌筛查研究网络协作中心、一带一路消化直通车上海总站、中国健康促进基金会——上海市食管疾病规范诊治联盟单位、儿童胆胰疾病联合诊治中心、Cellivizio共聚焦激光显微内镜大中华区培训及示范基地、江浙沪ERCP“手把手教学”手术观摩基地。