安徽医科大学第一附属医院神经外科是省建立的第一个神经外科临床专业科室，于1958年建科，率先在安徽省开展颅内肿瘤，颅脑外伤，脊髓脊柱等神经外科疾病治疗，并为全省其它单位培养了大批神经外科医生。目前神经外科经过半个多世纪几代人的不懈努力，已形成了具有自身特色和学术风格的专业，在国内具有较高的知名度，在2017、2018、2019连续三年的复旦版中国医院专科声誉排行榜上，获得华东区优秀科室提名，2019年中国医院科技量值排行版位居全国56名，安徽省位于第一。神经外科分为四个病区，有200张床位，在职员工150余名，科室目前年住院病人4500余人次，年手术量3800余台次，年治疗、抢救疑难及危重病人2500余人次，近三年来开展新手术、新技术共10余项。现科室为中国医师协会神经外科分会常委单位，中华医学会神经外科学分会委员单位、安徽省医师协会神经外科分会主委单位、安徽省神经外科联盟（专科医联体）牵头单位、周良辅院士工作站成员单位，是为安徽省神经外科临床、医疗、教学和研究中心。科室率先在省内建立了较为完备和神经外科亚专科体系，由颅脑创伤、神经肿瘤、颅底肿瘤、脑血管病、神经内镜，脊髓脊柱及功能神经外科几部分组成，亚专科收治率近100%，极大地提高了临床医疗质量。在医院和科室领导的大力支持下，在保持传统颅底肿瘤手术优势的基础上，科室在多个领域取得重大突破，功能神经外科手术取得长足发展，癫痫外科手术及帕金森病的外科治疗手术，脊柱脊髓神经外科手术，复杂脑血管病包括缺血性脑血管病手术，神经内镜手术，无论在手术量还是手术效果，都处于省内领先地位。