安徽医科大学第一附属医院感染病科是安徽省感染病学界的领头学科，省临床医学重点学科，省教育厅重点学科，省内最早的传染病专业硕士授予点和博士学位授予点，省感染病质控中心组长单位，国家药物临床试验专业点。科室现设有临床（病房、门诊）、免疫学实验室、分子生物学实验室、安徽省细菌耐药监控中心等部门，开设的床位数、年门诊量、年出院人数和危重病例抢救成功率均居省内各医院同专业之首。学科拥有一批高素质人才，博士生导师2人，硕士生导师8人，博士9人，主任医师10人，副主任医师9人。在国内具有一定的学术影响，其中国家级学术委员会委员5人，省级学术委员会主委2人，副主委5人，国家级期刊副主编1人，编委5人。主持国家自然科学基金项目10项、省厅级科研基金项目10余项。先后获得省（部）级科技进步奖一等奖1项、二等奖3项、三等奖2项，中华医学科技奖二等奖1项和三等奖1项。学科带头人李家斌主任系“新世纪百千万人才工程”国家级人选，享受国务院特殊津贴。科室设立有六个亚专科组：细菌性感染、病毒性肝炎、发热待查、人工肝脏、中枢神经系统感染、艾滋病。每组都有相应学科带头人开展了特色技术，包括：HBV-P基因区变异性检测、HBV和HCV基因型检测、细菌耐药性和耐药基因检测、肝穿刺病理学及免疫组化技术、人工肝支持治疗技术、罗氏高精度实时定量PCR技术(检测HBV，HCV，HIV)、国际标化乙肝五项定量检测技术、腹水浓缩回输技术、肝脏干细胞移植技术、射频消融技术、经皮肝穿胃冠状静脉介入栓塞术等。