阿坝藏族羌族自治州人民医院外二科位于住院部8楼，编制床位50张，开放床位63张，包括普外科、胸心外科、泌尿外科、肛肠外科。四川省普外科质控中心阿坝分中心、四川省泌尿外科质控中心阿坝分中心、四川省胸外科质控中心阿坝分中心，普通外科学（肝胆胰外科）四川省重点专科立项。拥有主任医师4名，副主任医师2名，主治医师3名，助理医师1名，本科学历以上，硕士研究生2名；护理人员18名，其中主任护师1名，主管护师4名，护师6名，护士7名。科室拥有4K腹腔镜、高清腹腔镜、电子胆道镜、纤维胆道镜、爱尔博电外科工作站、超声刀、百克钳等先进设备；肝脏悬吊拉钩、血管显微器械等手术器械。主持完成市厅级课题5项，现主持市厅级课题4项，参与完成省部级重大专项课题1项，参与中国疾控中心寄生虫病防治所项目1项，主办四川省继教项目5项，承办四川省继教项目10余项，发表中文核心及科技核心期刊50余篇，实用新型发明专利3项。肝胆胰外科/泌尿外科肝胆胰外科：(四川省重点专科)历史悠久，专家辈出，1958年，全州首例胆囊手术及脾切除手术；1959年全省率先开展肝包虫病手术治疗，目前已完成1200例肝包虫病手术，技术水平居于全省前列；2002年于我州率先开展胆囊切除术（LC），目前已完成8000例以上，在此基础上2010年于我州率先开展腹腔镜下胆总管切开取石术（一期缝合或T管引流），技术水平居于全省前列。常规开展复杂泡型肝包虫病根治术、胰十二指肠切除、胆囊癌根治术、胆管癌根治术、肝癌切除术、肝三叶切除术、半肝切除术、精准肝切除术、肝包虫外囊摘除术及外囊次全切+内囊摘除术等；腹腔镜下半肝切除术、肝叶切除术、胰体尾切除术、脾切除术、肝囊肿去顶减压术等。此专业组承担乳腺疾病诊治，乳腺外科于我州率先发展，1989年，王乾清主任开展首例乳腺癌根治术，现常规开展乳腺癌根治术、乳腺癌保乳根治术、乳腺包块切除术、乳腺脓肿切开引流术等。泌尿外科：全州率先发展，1989年，沈永才主任开展首例右肾上腺皮质肿瘤切除术，目前能开展国内各项先进手术，常规开展开腹或腹腔镜下肾癌根治术、膀胱癌膀胱全切术、前列腺癌根治术、肾（输尿管）结石切开取石术、肾盂输尿管狭窄整形术；输尿管软/硬镜钬激光碎石术、经皮肾镜钬激光碎石术、经尿道前列腺等离子电切术、经耻骨上前列腺摘除术、尿道（吻合、修补、成形）术、腹腔镜下肾上腺包块切除术、腹腔镜下嗜铬细胞瘤切除术、腹腔镜下肾囊肿去顶减压术、腹腔镜下隐睾切除术、腹腔镜下睾丸下降固定术、腹腔镜下精索静脉高位结扎术等。胃肠外科/胸心外科胃肠外科：常规开展胃癌根治术、结直肠癌根治术、腹腔镜下无张力疝修补术、腹腔镜胃穿孔修补术、腹腔镜阑尾切除术、胃肠造瘘术等。肛肠痔外剥内扎术、肛乳头纤维瘤摘除术、肛裂切除术、肛门括约肌松解术、混合痔TST/PPH术、肛周脓肿并肛瘘一次性根治术，肛肠科年手术量100台次左右。胸心外科：常规开展肺癌根治术、甲状腺癌根治术、腔镜甲状腺次全切术、肺叶切除术、心包大部切除术、中下段食道癌根治术（100例以上）、多发肋骨骨折/胸骨骨折内固定术、胸腔镜下肺大泡切除修补术、胸腔镜肺叶肺段切除术、胸腹腔镜下膈疝修补术、大小隐静脉结扎抽出术等手术。