扬州市第三人民医院感染科为扬州市临床重点专科，扬州市医学会感染病学专科分会主委单位，扬州市感染病质控中心挂靠单位，南京都市圈感染与肝病联盟副理事长单位，扬州感染病专科联盟牵头单位，国家传染病医学中心（北京）授予“HIV精准医疗标准化标杆单位”。现有临床医师7人，其中主任医师2人，副主任医师2人。专科特色：科室主要收治各类病毒性肝炎、肝硬化、肝功能衰竭、不明原因发热、血流感染、重症肺炎（呼吸衰竭）、复杂腹腔感染、中枢神经系统感染、感染性腹泻、感染相关出疹性疾病等。对多重耐药菌感染、侵袭性真菌（隐球菌、曲霉菌和念珠菌）感染、非结核分支杆菌感染、免疫抑制患者合并特殊感染的治疗积累了丰富的诊治经验。诊疗范围：科室常规开展各种嗜肝病毒、HIV、EBV、CMV等病毒抗体和核酸检测，细菌培养和药敏试验，分枝杆菌培养、菌种鉴定及耐药检测，真菌抗原抗体及核酸检测，G试验、GM试验、隐球菌抗原等病原体检测。常规开展肝穿刺病理诊断技术、人工肝血浆置换技术、无痛胃肠镜技术、支气管镜检查及治疗技术、肝细胞癌的DSA介入治疗、艾滋病优化抗病毒治疗、快速启动抗病毒治疗、艾滋病暴露前后预防等特色技术。