扬州市第三人民医院感染病科现为扬州市临床重点专科，负责扬州地区各种急、慢性感染性疾病的临床诊疗，包括各种急慢性肝炎、肝硬化、不明原因发热、感染性腹泻(如痢疾、霍乱、沙门氏菌感染等)、感染相关出疹性疾病(如水痘、带状疱疹、麻疹、手足口病、猩红热、斑疹伤寒、恙虫病及其他病毒疹等)、免疫缺陷人群相关感染、各种败血症、化脓性脑膜炎、神经梅毒、流行性乙型脑炎等。
感染科病房开放床位45张，现有主任医师1人，副主任医师3人。
相关诊疗技术、学术水平、教学水平及硬件建设等方面达到了扬州市领先水平，为扬州地区感染性疾病防治领域集医、教、研为-体的实力雄厚的专业科室，承担扬州大学医学院传染病学的教学工作和南京医科大学东南大学、扬州大学医学院等院校临床实习和住院医师规范化培训传染病学带教工作诉年来主持和参与开展各类课题研究多项，获得市局新技术引进奖一项。