南京医科大学第二附属医院检验医学中心设有临床生物化学实验室、临床免疫学实验室、临床微生物学实验室，临床细胞学实验室、输血实验室、临检实验室和急诊检验实验室。中心于2019年8月26日通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）医学实验室质量和能力认可，符合ISO15189:2012医学实验室质量和能力要求。中心装备有Roche P800 全自动生化分析仪、Beckman ACCESS-2-DIX800 化学发光分析仪、SimensBN-II特定蛋白仪、Roche Cobas 602电化学发光分析仪、Abbotti2000电化学发光分析仪、Ausbio ELISA Star全自动酶免仪、Sysmex 系列全自动血液分析仪、Roche全自动尿液分析仪、BioMerieux VITEKCampat全自动微生物鉴定药敏分析仪、SebiaHydrasys LC全自动凝胶电泳仪等一大批的先进的检验设备，开展各类检验项目近500项，可以满足临床各学科所需。中心现有各类专业技术人员83人，其中高级职称21人，中级职称28人。本科以上学历占82%，具有博士学位4人，硕士学位（含同等学力）12人。博士研究生导师1人，硕士研究生导师2人，近5年来承担国家自然科学基金2项，省级课题3项，在国内、外期刊发表学术论文30余篇，其中SCI收录近20篇，主（参）编专著多部。学科带头人朱叶飞，医学博士，教授，研究员，南京医科大学博士研究生导师，约翰斯霍普金斯大学访问学者，江苏省第五期“333高层次人才培养工程”第二层次培养对象，研究方向为肿瘤和病原微生物实验室诊断，承担和参与国家级及省级课题多项，在国内外发表学术论文110余篇，出版专着两部，获得2014年江苏省科学技术奖二等奖和中华医学科技奖二等奖，分别担任江苏省生物医学工程学会体外诊断技术专业委员会副主任委员、江苏省妇幼健康研究会第一届检验医学专业委员会副主任委员、江苏省妇幼保健协会医学检验分会第一届委员会副主任委员、江苏省医学会检验学分会委员会委员、江苏省医院协会临床检验管理专业委员会常务委员、江苏省中西医结合学会检验医学专业委员会常委委员和南京市医学会检验专科分会副主任委员。