南京医科大学第二附属医院呼吸科，是江苏省临床重点专科，国际国家临床药理研究基地、呼吸病学博士学位授权点。下设3个病区，拥有床位81张（含呼吸重症监护室床位5张），年门诊量2.5万人次，年住院病人2200余人次。现有医护人员42人，其中医生22人，包括教授、主任医师6人，副教授、副主任医师11人，讲师、主治医师4人，住院医师1人。其中博士研究生导师1名，硕士研究生导师3名，博士8名，硕士8名。学科囊括下呼吸道感染、慢性气道炎症、肺癌及介入、睡眠相关呼吸疾病及间质性肺病等多个亚专科，并具备相应的人才储备。专业设备先进齐全，拥有日本Olympus电子支气管镜及超声引导支气管镜（E-BUS）、OlympusLTF-240型内科胸腔镜、硬质支气管镜、ERBEVIO200D呼吸内镜电外科工作站、ERBOKRYOCA多功能冷冻治疗仪、德国JAEGER全自动肺功能测定仪、DragerEvita4/V300有创呼吸机、非利浦V60无创呼吸机、德国Weinmann转运呼吸机、德国Weinmann睡眠呼吸监测仪（包括便携式和多导睡眠监测仪）、危重监护仪器等。学科在诊治呼吸系统常见病如肺部感染、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺癌、肺动脉高压、肺心病、呼吸衰竭、气胸、咯血、胸腔积液、肺栓塞及睡眠呼吸障碍疾病等常见病方面积累了丰富的经验，对于一些呼吸系疑难杂症如危重肺部感染、肺结节病、肺曲菌病、隐源性机化性肺炎、弥漫性泛细支气管炎、过敏性肺泡炎及等少见病也有较丰富经验。科室医护人员常规开展经支气管镜针吸活检（TBNA）、经支气管镜肺活检（TBLB）、无痛电子支气管镜、CT引导下肺穿刺活检、DSA介入技术抢救大咯血，经电子支气管镜介入治疗气道狭窄、支架植入等多种技术，使肺癌患者得到更好更有效的诊断和治疗，减轻患者痛苦。该学科在支气管哮喘、肺部感染、肺癌、睡眠呼吸障碍疾病等基础及临床研究成绩显著。近年来承担国家自然基金课题5项、省市级课题多项，在国内外医学杂志上发表学术论文百余篇，其中SCI期刊收录20余篇，主编和参编学术专著和教材4部。