皖南医学院第二附属医院泌尿外科于1975年成立，历经数十年的发展，目前是安徽省临床医学特色专科、安徽省市级重点学科，院级重点学科。科室在皖南地区最早开展肾移植手术，开展的例数最多，科室集临床、科研、教学于一体。科室现有医生23名，护理人员34名，其中主任医师5人、副主任医师5人、主治医师6名、住院医生7名，团队中有江淮名医1人、博士1人、硕士15人，教授1人、博士生导师1人、硕士生导师3人。为促进学科发展，现开设两个病区，共有床位104张。近年来国内外有影响的期刊上发表论文60余篇，取得科研成果6项，申请国家专利1项，获市级以上科技奖励5项，出版专著1部。科室下设普通泌尿外科、微创泌尿外科、男科、泌尿系结石专业组，学科覆盖广，综合实力雄厚。拥有省内较为先进的前列腺等离子（大禹刀）电切系统、1470nm半导体激光系统、泌尿外科高清4K腹腔镜系统、EMS-V超声碎石清石系统、尿动力学、C臂机、体外碎石机、泌尿外科专用超声刀、手术用彩色多普勒B超机、输尿管硬镜、输尿管软镜、钬激光碎石系统、泌尿系结石分析系统、男科一体化治疗仪等设备。近年来，泌尿外科与国内外前沿技术衔接紧密，针对不同的患者实施精准化、个体化治疗。在开展常规手术的同时，还积极开展与创新新技术。目前95%以上的泌尿外科手术都可通过微创方式完成。其中，腹腔镜手术已基本取代绝大多数开放手术，全面进入微创外科模式。目前常规开展的手术治疗经皮肾镜碎石取石术、输尿管硬镜/软镜碎石取石术等；腹腔镜下肾肿瘤根治性切除术、肾上腺肿瘤切除术、前列腺癌根治术、膀胱全切术、肾部分切除术、肾输尿管全长切除术、肾盂输尿管成形术、输尿管切开取石术、腹膜后肿瘤切除术、腹膜后淋巴结清扫术、全盆切除术等；前列腺等离子切除或剜除术、前列腺激光剜除术、膀胱肿瘤剜除术等；显微镜精索静脉高位结扎术、精囊镜技术、整形式包皮环切术等。