合肥市第二人民医院神经外科是我院第五周期重点学科。目前拥有床位41张（其中重症监护床位5张）。近年来，专业技术水平和社会影响力不断提升，2016年以来先后成为合肥市神经外科质量控制中心挂靠单位及合肥医学会神经外科学分会主任委员单位。 通过加大学科建设力度，使本学科规模、诊疗能力及技术水平有了显著的提升，初步形成了脑血管病、神经脊柱与颅脑创伤三个亚专科方向。各亚专科通过仪器设备引进、新技术开展、人才交流培养、科研教学能力建设等多种方式开展工作，在业务量、开展新技术新项目、人才梯队建设、科研教学等方面取得较大进步。目前常规开展的手术包括：颅脑创伤手术、有创颅内压监测术、自发性脑出血手术（经显微镜、经神经内镜）、颅内动脉瘤开颅夹闭手术及介入栓塞术、颈内动脉内膜剥脱术、颅脑及脊髓肿瘤手术、颅骨修补术及脑室腹腔分流术等。