中山大学附属肿瘤医院内镜科，由激光科和内窥镜室于1999年合并而成。其重要特色是对消化道和呼吸道肿瘤的早期诊断及内镜下治疗，以及以超声内镜为基础的诊断及治疗，现内镜科每年完成各种内镜检查上万人次，其中超声内镜超过2000人次，气管镜超过2000人次，超声穿刺活检超过500人次，现内镜科已经成为岭南地区开展内窥镜检查及内镜下微创治疗的最多的机构之一。内镜科现有主任医师1名，副主任医师3名，主治医师4名，住院医师3名，护技人员8名，病房护士11名，共计30人。在医疗方面，内镜科以岭南地区最大的肿瘤防治中心为依托，经长期大量的工作对消化道及呼吸道良恶性肿瘤的超声内镜诊断与分期有丰富的经验。同时广泛开展包括电子胃镜（无痛），电子肠镜（无痛），电子十二指肠镜，电子支气管镜，电子喉镜，超声内镜（EUS），超声支气管镜（EBUS）等各种内窥镜检查，并于2007年通过了卫生部认证，成为卫生部消化系统和呼吸系统内镜诊疗技术培训基地。2008年更新了电子超声镜，穿刺内镜，并新增了放大内镜，荧光内镜，电子染色内镜等先进仪器。同时开展各种内镜下治疗，包括超声内镜下胰腺，纵隔及腹腔肿物穿刺活检术，超声支气管镜下细针穿刺活检（EBUS-FNA），逆行胰胆管造影术（ERCP）及胆道支架置入术，腔内良恶性肿瘤EMR、ESD及神经节阻滞术等微创手术，在国内位于领先水平。内镜科是我国最早开展激光光动力学治疗恶性肿瘤的科室之一，在治疗早期及晚期食管癌、肺癌、直肠癌、鼻咽癌等方面取得了丰富的经验。教学与科研方面，2007年通过了卫生部认证，成为卫生部消化系统和呼吸系统内镜诊疗技术培训基地，为各级医院培养内窥镜医师超过200名。自2008起每年举办国家级继续教育项目“超声内镜及EMRESD学习班”，深受全国内窥镜界同仁好评。承担省部级以上课题4项。近年来每年在国内外发表论文数十篇，今年已发表SCI论文4篇。