环磷酰胺的毒副作用与剂量相关。常见较轻的副作用有脱发、恶心和呕吐，但其引起的骨髓抑制、膀胱毒性、性腺毒性和致癌危险则较为严重。此外，环磷酰胺还有肝功能损害、出血性膀胱炎的副作用。因此，应用环磷酰胺过程中要密切监测血常规，肝功能，尿常规。如果骨髓抑制容易发生病毒和细菌、真菌感染。应用环磷酰胺期间应多喝水。

正常人尿量是1000至2000毫升。正常状态下，如果尿量少于500毫升/天，代谢产生的废物则不能完全从肾脏排出，因此，少尿意味着肾功能受损，需要到医院就诊。每日尿量大于2500ml称多尿，多尿原因很多，正常人大量饮水、饮茶、进食过咸或过量食糖可多尿。常见的糖尿病病人可以多尿。大于4000ml称为尿崩，一般都为病态。

普通医院就能开展的有尿常规，肾功，肾脏彩超。好点的医院能开展的有尿沉渣检查，尿红细胞位相，尿白细胞分类，尿渗透压，尿酸化功能检查，尿肌酐/蛋白，尿钠，尿钾，尿氯，血清胱抑素C，尿B2微球蛋白，尿a1微球蛋白，NAG，肾动脉造影，ECT等。此外，肾穿刺活检，肾脏病理对各种原发性肾炎、肾病或继发性肾炎、肾病尤其重要。